FTP, a differenza di altri protocolli come ad esempio HTTP, utilizza due connessioni separate per gestire comandi e dati. Un server FTP rimane tipicamente in ascolto sulla porta 21 TCP a cui si connette il client. La connessione da parte del client determinerà l'inizializzazione del canale comandi attraverso il quale client e server si scambieranno comandi e risposte. Lo scambio effettivo di dati (come ad esempio file) richiederà l'apertura del canale dati il quale può essere di due tipi. In un canale dati di tipo attivo il client apre una porta tipicamente random, tramite il canale comandi rende noto il numero di tale porta al server e attende che esso si connetta. Una volta che il server ha attivato la connessione dati al client FTP, quest'ultimo effettua il binding della porta sorgente alla porta 20 del server FTP. A tale scopo possono venire impiegati i comandi PORT o EPRT, a seconda del protocollo di rete utilizzato (tipicamente IPv4 o IPv6). In un canale dati di tipo passivo il server apre una porta tipicamente random (> 1023), tramite il canale comandi rende noto il numero di tale porta al client e attende che esso si connetta. A tale scopo possono venire impiegati i comandi PASV o EPSV, a seconda del protocollo di rete] utilizzato (tipicamente IPv4 o IPv6).